藏医对于人生病的原因，有自己独特的看法。

从哲学角度来说，藏医认为，人身有三毒，即贪、嗔、痴。这三毒会分别导致人体内隆（类似中医的气）、赤巴（类似中医的火）、培根（人体水液的机能）增多，进而诱发多种疾病。

比如说，培根增多，就会引发寒性疾病。培根的本性是凉而重，向液体一样，是趋下的，所以，培根增多引发的疾病多聚集在下部，表现为身体懒沉，畏寒怕冷。赤巴增多，则会引发热性疾病。因为赤巴的属性与火类似，火趋上，那么由赤巴增多引发的疾病就聚集在身体的上部。

培根增多引发的疾病多发生在冬季，正是气温比较低的时候，赤巴引发的疾病多发生在夏季，正是气温比较高的时候。这与中医天人和一的理论不谋而合。

藏药将人体患病的种类分成404种，其中，由于隆、培根、赤巴不平衡引发的疾病就有101种，即隆病42种，赤巴26种，培根33种。

其他的病因，藏医还归咎于饮食不当，起居失调。另外，受宗教的影响，藏医还认为，人世间有360种害人的精灵魔鬼，会导致人体发生种种疾病。